（一）办公室。协助局领导组织安排局机关的日常工作；负责组织重要会议，起草重要文件、报告和审计机关管理制度；负责局机关机要、保密、文书、文印、接待、提案办理和重大事项督办；负责机关财务管理、车辆管理、后勤保障；负责局机关信息、调研、宣传工作；协调各业务科的审计事项；负责审计统计、分析、审计档案管理；负责计算机审计的开发和应用；受理有关举报事项；负责局机关人事劳资管理工作；组织审计干部的培训教育工作；负责局机关精神文明建设、计划生育工作；负责组织机关文体活动。
（二）法制科。负责地方性审计规章的草拟、修改和报批，并负责与有关部门进行协调；编制审计工作规划，安排年度审计项目计划；研究财政经济方面的法律法规和政策，提出有关建议；组织对局机关和社会组织审计业务质量的监督检查；审核与复核审计报告、审计意见书和审计决定；处理审计行政复议和应诉；组织实施普法教育；负责指导、监督全市内部审计工作。
（三）行政事业审计科。负责对市直机关、市属有关事业单位及直属单位的财政、财务收支进行审计监督；开展专项资金审计和专项审计调查；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团管理的养老、医疗、工伤、失业、生育等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的筹集、管理、使用情况进行审计监督；开展专项审计和审计调查。拟订市级预算执行情况审计的总体方案，汇总审计结果；
（四）财政金融审计科。对本级财政预算执行情况、其他财政收支情况及下一级政府财政预算的执行情况和决算、预算外资金的管理和使用情况进行审计监督；负责对财政管理的专项资金的审计和专项审计调查；负责对市属金融机构的资产、负债、损益进行审计监督。根据上级审计机关授权，对国有金融机构、保险公司、证券公司进行审计；组织对全市金融单位进行行业审计、专项资金审计和专项调查；对市国税局、地税局税收征管情况进行审计，并组织对全市国税、地税系统的专项调查。
（五）经贸审计科。负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责对市属的国有独资企业和国有资产占控股地位或主导地位的工业、交通、商业、粮食等企业的财务收支进行审计监督；开展专项审计和审计调查。
（六）固定资产投资审计科。对市政府有关部门及直属单位的财政、财务收支进行审计监督；负责对市政府投资的基本建设项目预算（概算）的执行情况和决算进行审计监督；经上级审计机关授权，对上级建设项目的预算（概算）执行情况和决算进行审计监督；组织对市属国有施工企业和设计、监理单位的审计监督；组织实施全市固定资产投资专项资金审计和调查。
（七）外资运用审计科。负责审计国际组织和外国政府援助、贷款、赠款项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公证报告；负责对市属中外合资、合作经营企业及境外及境外企业进行审计监督；在全市范围内负责组织实施利用外资情况的专项审计和审计调查。
（八）农业环保审计科。负责审计农业、林业、水利、环保、国土资源和海洋与渔业等部门及直属单位的财政财务收支；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。
（九）文登市领导干部任期经济责任审计办公室。文登市领导干部任期经济责任审计办公室，为副科级事业单位（人员按国家公务员制度管理）。主要职责是：负责市直经济责任审计工作的组织、协调和综合工作；直接实施市委、市政府及市委组织部交办的经济责任审计项目，向市委、市政府、市委组织部领导报告审计结果；开展调查研究，制度有关经济责任审计制度、规章和办法。
